Apteka ulokowana na zamojskim rynku w kamienicy pod numerem 2, została otwarta w 1609 roku przez Szymona Piechowicza. Był on doktorem medycyny który to tytuł uzyskał na uniwersytecie w Padwie. Wcześniej, był on jednym z pierwszych studentów, założonej w 1595 roku przez Jana Zamojskiego – Akademii Zamojskiej.

Po powrocie z Włoch, kupił on działkę przy rynku, na której rozbudował istniejącą kamienicę. Na parterze otworzył on aptekę, a na piętrze miał swój gabinet lekarski, a także mieszkanie. Szymon Piechowicz ze względu na swoje osiągnięcia został w międzyczasie mianowany na rektora zamojskiej uczelni. Prowadził on swoją aptekę do 1657 roku, kiedy schedę w placówce objął Stanisław Piechowicz – syn profesora. Przez kolejne ponad 100 lat, apteka była dziedziczona przez kolejnych przedstawicieli rodu Piechowiczów.

W 1783 roku kamienicę wraz z apteką kupił Jan Nachtygal. Przeprowadził on jej gruntowny remont, a nawet nadbudował jedną kondygnację. W kolejnych latach nastąpiło kilka transakcji kupna- sprzedaży kamienicy, a każdy z właścicieli nie cieszył się długo jej posiadaniem. W 1839 roku było nawet blisko upadku apteki, a to po stwierdzeniu w trakcie kontroli wielu uchybień w jej prowadzeniu. Na szczęście w 1842 roku, kamienicę kupił Jan Kłossowski, którego rodzina na długie lata stała się właścicielami tej kamienicy wraz z apteką.

Era Kłosowskich w zamojskiej aptece

Jan, Karol, a następnie Zdzisław Kłosowscy podnieśli aptekę na zamojskim rynku na bardzo wysoki poziom. Oprócz standardowego zaopatrywania społeczeństwa i lokalnego szpitala w leki, w aptece funkcjonowało laboratorium chemiczne, zwane Stacją Higieniczną Miejską. Analizie poddawane były produkty spożywcze, które można było nabyć w Zamościu, woda z zamojskich wodociągów, a także prowadzono w nim badanie moczu i krwi mieszkańców.

Oprócz tego, Kłosowscy byli zaangażowani w poszukiwanie sfałszowanych leków, a następnie ich eliminowanie z rynku. Prowadzili przy tym działania profilaktyczne, uświadamiające pacjentów, że w leki należy zaopatrywać się tylko i jedynie w aptece, co jest gwarantem ich nieskazitelnej jakości, a przede wszystkim bezpieczeństwa terapii.

Zdzisław Kłosowski zapoczątkował również erę hurtowni farmaceutycznych, zwanych wówczas spółdzielniami. Miały one za zadanie zaopatrywać w leki apteki, ale i składy apteczne w szpitalach. Po jego śmierci, kamienica wraz z apteką przeszła najpierw w ręce jego żony, a następnie córki, które jednak nie miały wykształcenia farmaceutycznego. Z tego powodu apteką zarządzał najpierw Stanisław Żołędziowski, a w czasie II wojny światowej i kilka lat po niej- Filip Łaganowski. Dzięki niemu apteka przetrwała działania wojenne, jednak musiał ją oddać w ręce państwa polskiego w 1951 roku.

Apteka Rektorska po jej upaństwowieniu

Po upaństwowieniu, apteka mieszcząca się na rynku w Zamościu otrzymała tytuł Apteki Spółdzielczej z numerem 107. W 1954 roku, nad apteką zawisło widmo zamknięcia. Dzięki staraniom ówczesnego kierownika placówki- Bolesława Rymgayłło i  mieszkańców Zamościa, apteka pozostała otwarta dla pacjentów. Lata 60. i 70. XX wieku to czas intensywnych remontów apteki oraz całej kamienicy. W 1976 roku po zakończeniu renowacji, apteka otrzymała dzisiejszą nazwę – Rektorska, a to wszystko na cześć jej założyciela, wieloletniego rektora zamojskiej uczelni, Szymona Piechowicza. Następne lata apteki to jej kolejny rozkwit. Apteka ta, uzyskała tytuł wojewódzkiej, a w latach 80. XX w. tylko w niej w całym województwie były wytwarzane leki recepturowe oczne. W latach 90. budynek kamienicy został wystawiony na sprzedaż, a wraz z nim również lokal apteki.

Dzięki staraniom Cefarmu w Lublinie, aptekę wyłączono jednak z przetargu i po raz kolejny uratowano ją przed zamknięciem. Apteka funkcjonuje z powodzeniem do dnia dzisiejszego, a jej drzwi są otwarte nie tylko dla pacjentów, ale i dla turystów zwiedzających Zamość.